1963年11月，聊城專區(qū)為加強干部保健工作，批準籌建聊城專區(qū)干部療養(yǎng)院，隸屬于專區(qū)衛(wèi)生局領(lǐng)導(dǎo)。位于聊城新區(qū)花園南路北首。

　　1964年7月，醫(yī)院正式開診，人員編制32人、病房兩個、床位五十張。主要擔(dān)負全區(qū)老干部的治病、療養(yǎng)任務(wù)。

　　1966年4月，床位達70張，職工人數(shù)增至45人。

　　1968年，醫(yī)院在衛(wèi)育路北首(現(xiàn)院址)征地35畝，建平房4000平方米。同年，醫(yī)院遷入新址(原院址移交醫(yī)療器械廠)，建立了兩個內(nèi)科病房。

　　1973年11月，醫(yī)院更名為“聊城地區(qū)新醫(yī)醫(yī)院”。

　　1976年3月，醫(yī)院組建了神經(jīng)內(nèi)科。

　　1978年，聊城地委批準醫(yī)院列為縣級事業(yè)單位，干部療養(yǎng)病床由30張擴大到60張，醫(yī)院開放床位增至100張，職工人數(shù)增至92人。

　　1982年，醫(yī)院恢復(fù)原名為“聊城地區(qū)干部療養(yǎng)院”，床位增至120張，職工人數(shù)增至138人。

　　1985年10月，醫(yī)院院名改為“聊城地區(qū)東昌醫(yī)院”。

　　1995年底，病房增加到6個，床位增至210張。職工人數(shù)增至216人，特色專科(心腦血管病)優(yōu)勢日趨明顯。

　　1998年10月19日，醫(yī)院正式更名為“聊城市第三人民醫(yī)院”。

　　1978年至1998年，近二十年間，醫(yī)院先后建起3582平方米的門診樓、3879平方米的病房樓、1083平方米的服務(wù)樓和2968.9平方米的宿舍樓，組建了心內(nèi)科、婦產(chǎn)科、外科及手術(shù)室、分娩室，購置了萬元以上醫(yī)療設(shè)備40多臺件，院容有了很大改觀，住院條件明顯改善，并且先后成立了“聊城地區(qū)心腦血管病防治研究所”“聊城地區(qū)股骨頭壞死防治研究所”“聊城地區(qū)頸肩腰腿痛防治研究所”。

　　2020年1月8日，醫(yī)院以優(yōu)異成績通過了三級醫(yī)院現(xiàn)場評審，5月19日，山東省衛(wèi)健委正式確定醫(yī)院為三級乙等綜合醫(yī)院，標志著醫(yī)院發(fā)展邁上新臺階!是年，醫(yī)院順利通過中國心衰中心認證，成為聊城市首家標準版心衰中心認證單位。

　　2023年，醫(yī)院擁有干部職工1200余人，其中高級專業(yè)技術(shù)人員244人，博士、碩士179人。開放床位850張。